La grande baie du Mont-Saint-Michel s'étend sur près de 500 km² et l'amplitude atteinte lors de grandes marées y est la plus grande du monde (jusqu'à 15 mètres). Le Musée de la Mer et de l'Ecologie du Mont-Saint-Michel présente la baie et ses milieux et fait découvrir ces marées particulières avec leurs beautés et leurs dangers.

Le musée aborde aussi le grand programme en cours pour désensabler le Mont-Saint-Michel, rétablir son caractère maritime et améliorer la beauté du site. Il présente cet énorme chantier écologique, ses buts et les enjeux.

Le visiteur peut aussi admirer une magnifique collection de 250 maquettes anciennes de bateaux de guerre, de commerce, de pêche et de plaisance.