Le musée de Châtillon-Coligny est aménagé dans une aile de l'ancien Hôtel-Dieu de la ville, fondé au XVIe siècle. L'accès au musée se fait par le porche de l'Hôtel-Dieu, qui est protégé au titre des Monuments Historiques.
Le musée présente en 4 salles 3 thèmes principaux : archéologie, histoire et histoire des sciences.
- La salle d'archéologie expose des découvertes faites dans le canton de Châtillon-Coligny et qui concernent la préhistoire et l'antiquité, depuis le paléolitique inférieur jusqu'à la fin de l’Empire Romain (à noter entre autres les objets provenant de deux types de sépultures de l'Age du Fer).
- Châtillon-sur-Loing (c'est l'ancien nom de la ville) fut tout au long du XVIIe siècle un des hauts lieux du protestantisme du Berry et de l'Orléanais, avec comme acteurs puissants les Coligny et la famille Montmorency-Luxembourg, héritière des Coligny. Le musée évoque leur histoire, depuis celle de l'amiral Gaspard II de Coligny jusqu'à la révocation de l'Edit de Nantes.
- Une salle expose des tableaux et mobiliers provenant du château de Châtillon, de l’Eglise et de l’Ancien Hôtel Dieu.
- La salle "Becquerel" est dédiée aux 4 éminents physiciens qui ont porté ce nom, en particulier à Henri Becquerel, prix Nobel de physique, qui a joint son nom à ceux de Pierre et Marie Curie.

Ouvert du 01/04 au 31/10, tous les jours sauf le lundi, et tous les WE (l'après-midi)