Ce musée occupe l'aile principale de l'ancienne abbaye Saint-Bénigne : salle capitulaire et scriptorium (début du XIe siècle ; niveau 0), dortoir des moines (voûtes datant de la fin du XIIIe siècle ; niveau 1) et des salles plus récentes (niveau 2).
Il donne une vision générale de la présence de l'homme en Bourgogne, de la préhistoire au Moyen-âge, avec référence à des sites fameux : Alesia, Les Bolards, les Sources de la Seine, ..., et avec des objets fascinants comme les ex-voto et statues de Sources-Seine, le trésor de Blanot, les céramiques, bijoux, armes, ...

ouvert tous les jours sauf les mardis, jours fériés et les lundis hors saison