Les expositions permanentes du Muséum d'Histoire Naturelle de Nantes sont axées sur 3 thèmes dominants : sciences de la terre, vivarium et zoologie.

- Sciences de la Terre : près de 700 échantillons de minéraux, issus du monde entier et souvent superbes, sont exposés en vitrines ; également des météorites, des échantillons géologiques et d'intéressants spécimens de paléontologie (fossiles animaux et végétaux).
- Vivarium : il s'est spécialisé en présentant uniquement des serpents, avec une vingtaine d'espèces, venimeuses ou non venimeuses, régionales ou du monde entier.
- Zoologie : présentation de centaines de vertébrés regroupés selon une classification phylogénétique, avec notamment une galerie illustrant l'évolution depuis les premiers vertébrés jusqu'aux aux poissons actuels.

Le muséum propose tout au long de l'année une programmation culturelle pour tous les publics, avec notamment au moins une grande exposition temporaire par an.

Ouvert tous les jours, de 10h à 18h, sauf le mardi et la plupart des jours fériés